Paragraaf 1. PVE Branchemethode voor het aantonen van Salmonella met behulp van iQ-CheckTM Salmonella II real-time PCR in dons, mest en vlees, afkomstig van pluimvee.
[Regeling vervallen per 01-01-2015]
5. Apparatuur en verbruiksmaterialen
[Regeling vervallen per 01-01-2015]
De gebruikelijke apparatuur voor een moleculair/microbiologisch laboratorium en de
voor de iQ-CheckTM Salmonella II test benodigde apparatuur en verbruiksmaterialen, zoals onderstaand
vermeld:
Opmerking: Gesteriliseerde materialen voor éénmalig gebruik mogen worden toegepast.
Apparatuur
-
5.1 iCycler Thermal Cycler met 96-wells reactiemodule (Bio-Rad cat. #: 170-8720)
-
5.2 iCycler iQ Optical Module (Bio-Rad cat. #: 170-8740)
-
5.3 iCycler iQ5 Real Time PCR system (Bio-Rad cat. #: 359-1591)
-
5.4 Chromo4 Real Time PCR system (Bio-Rad cat. #: 359-1590G)
-
5.5 Mini-Opticon Real Time PCR system(Bio-Rad cat. #: 359-1592)
-
5.6 CFX96 Real Time PCR system (Bio-Rad cat. #: 351 855096)
-
5.7 Stomacher
-
5.8 Broedstoof voor het bebroeden bij 37 °C ± 1°C
-
5.9 Verhittingsblok voor 1,5 ml buizen 100 °C ± 1°C
-
5.10 Tafelcentrifuge (maximaal 12.000 rpm, voor 1,5 ml buizen)
-
5.11 Vortex
-
5.12 Magnetische roerder
-
5.13 20 μl, 200 μl and 1000 μl micropipetten
-
5.14 Combi-tips pipetten
Opmerking: Het gebruik van een universal power source (UPS) in combinatie met de iCycler iQTM
wordt aanbevolen. Inmiddels (anno 2009) is de iCycler iQ niet meer leverbaar en de
iQ5 alleen nog beperkt als refurbished (2e hands) te verkrijgen. De gebruiker heeft een keuze uit 5 systemen (iCycler iQ, iQ5,
Chromo4, Mini-Opticon en CFX-96).
Verbruiksmaterialen
-
5.15 iCycler iQ 96-well PCR platen (Bio-Rad cat. #: 223-9441)
-
5.16 iCycler iQ Optical sealing tape (Bio-Rad cat. #: 223-9444)
-
5.17 200 μl 8-strip tubes (Bio-Rad cat. #: 223-9469)
-
5.15 200 μl 8-strip caps for 200 μl tubes (Bio-Rad cat. #: 223-9472)
-
5.16 Multiplate PCR plates, white (Bio-Rad cat. #:35M-LL4851), 48wells
-
5.17 Multiplate PCR plates, white (Bio-Rad cat. #:35M-LL9651), 96wells
-
5.18 8-strip tubes, white (Bio-Rad cat. #:35T-LS0851)
-
5.19 8-strip caps, (Bio-Rad cat. #:35T-CS0803)
-
5.20 MSB sealing tape (Bio-Rad cat. #:35M-SB1001)
-
5.21 Stomacher zakken met filter
-
5.22 1 ml en 10 ml pipetten
-
5.23 Steriele filtertips, passend op 20 μl, 200 μl en 1000 μl micropipetten
-
5.24 1,5 ml Eppendorf SafeLock buisjes
-
5.25 Combi-tips tips, steriel, individueel verpakt
-
5.26 2 ml and 5 ml steriele buizen of flesjes
-
5.27 Poeder-vrije handschoenen
-
5.28 Milli-Q of gedestilleerd steriel water
-
5.29 Ethanol 96% of NaOH 5%
Opmerking:
Artikelen genoemd onder 5.16-5.18 betreffen artikelen voor Chromo4, Mini-Opticon en
CFX
7. Werkwijze
[Regeling vervallen per 01-01-2015]
7.1 Algemeen
Bederfelijke pluimveeproducten zoals borstvellen en filet dienen gekoeld (1-8°C) te
worden aangeleverd. Zie voor de acceptatie criteria voor monstermateriaal bijlage
V.
De monsters dienen binnen 4 uur na ontvangst ingezet te worden. Indien de monsters
echter binnen 48 uur na monstername op het laboratorium aanwezig zijn, dient het monster
uiterlijk 48 uur + 4 uur na het tijdstip van monstername ingezet te worden.
Stel monsters zo min mogelijk bloot aan temperatuurschommelingen.
Opmerking:
Komen mestmonsters mee met vleesmonsters in een koelbox, sla dan alle monsters gekoeld
op.
Worden mestmonsters per post ongekoeld verstuurd, sla dan op bij kamertemperatuur,
tenzij deze monsters pas de volgende dag worden ingezet.
7.2 Voorbehandeling van het monster en ophoping
Ophopingsmedium dient op incubatie temperatuur (37°C) te zijn voorafgaand aan gebruik.
Homogenizeer 25 g monster in 225 ml gebufferd pepton water, in een stomacher zak met
filter.
Incubeer zonder schudden gedurende 18 uur ± 2 uur bij 37°C.
Opmerking: Bij verwerking van borstvel ten behoeve van de verdunning dient zo min mogelijk onderhuids
vet meegesneden te worden; een overmaat vet kan de isolatie van DNA bemoeilijken en
inhibitie van de PCR-reactie veroorzaken. Mest en dons vergen geen bijzondere voorbehandeling.
7.3 DNA extractie
Pipetteer 1 ml ophoping met een disposable pipet in een 1,5 ml Eppendorf (schroefdopje)
buis (voorkom pipetteren van grote fragmenten van monsterresten). Schudt de ophoping niet voorafgaand aan het pipetteren van het monster.
De overige stappen voor de DNA extractie worden uitgevoerd zoals omschreven in de
gebruiksaanwijzing van de iQ-CheckTM Salmonella II testkit (Bio-Rad, 2007).
Opmerking: In geval van ophopingen met een vettig supernatant, neem het monster juist onder
deze vetlaag.
7.4 Apparaat en software gebruik, uitvoering PCR, data analyse
Apparatuur en software gebruik, uitvoering PCR en data analyse worden allen uitgevoerd
zoals omschreven in de gebruiksaanwijzing van de iQ-CheckTM Salmonella IItestkit (Bio-Rad, 2007).
7.5 Interpretatie van resultaten
Resultaten worden geïnterpreteerd middels analyse van de Ct-waarden (threshold cycle)
van elk monster. Volg hiervoor het voorschrift van de fabrikant.
Een positief Salmonella monster dient een Ct-waarde >/= 10 voor de FAM fluorophore
te hebben.
Indien de Ct-waarde lager dan 10 is, dient het verloop van de amplificatiecurve gecontroleerd
te worden zoals beschreven in gebruiksaanwijzing; de curve dient een vlakke basislijn
te vertonen, gevolgd door een geleidelijke toename van fluorescentie. Indien de curve
correct is, kan het monster positief voor Salmonella worden bevonden.
Indien geen Ct-waarde (Ct=N/A, not applicable ) voor FAM is toegekend aan een monster,
of de curve een niet-kenmerkend verloop vertoont, moet de interne controle van dat
monster worden geanalyseerd. Wanneer geen Ct-waarde (Ct=N/A) wordt verkregen voor
FAM, dan is de uiteindelijke interpretatie van het resultaat afhankelijk van de interne
controle:
- -
Een monster wordt negatief beschouwd voor Salmonella indien geen Ct-waarde voor FAM
is toegekend, en de interne controle (HEX) een Ct-waarde > 10 heeft.
- -
Indien de interne controle ook geen Ct-waarde is toegekend (Ct = N/A), dan is interpretatie
van het resultaat onmogelijk. Een dergelijk resultaat kan een indicatie zijn van remming
van de PCR reactie. In dit geval dient het monster (DNA-extract) 1/10 verdund te worden
in steriel gedestilleerd water en moet de PCR reactie worden herhaald. Verdunningsprotocol
gaat als volgt: 90 μl steriel water met 10 μl DNA. Hiervan wordt namengen en kort
centrifugeren (short spin) 5 μl toegevoegd aan de PCRmix.
Interpretatie van monsterresultaten:
Salmonella detectie
|
Interne controle detectie
|
Resultaat
|
(FAM-490)
|
(HEX)
|
|
Ct >/ = 10
|
Niet van belang
|
Positief
|
Ct = N/A
|
Ct > 10
|
Negatief
|
Ct = N/A
|
Ct = N/A
|
Inhibitie*
|
* Wanneer zowel Salmonella als interne controle detectie een Ct = N/A oplevert, dient
het monster opnieuw getest te worden middels een 1/10 verdunning van het DNA-extract.
Opmerking:
Bio-Rad heeft inmiddels software ter beschikking gesteld waarin de FAM en HEX waarden
via “Copy-Paste” ingevuld kunnen worden. Er volgen automatisch antwoorden per monster
als: positief, negatief en inhibitie. Tevens worden automatisch de waarden van de
kitcontroles gevalideerd. Dit rapport kan in een PDF file geconverteerd worden. De
software heet : iQCheck Analysis TM. Bovendien hebben de Chromo4 en Mini-Opticon systemen
deze software al aan boord, zodat direct een rapport kan worden aangemaakt.
Voor een positief resultaat geldt: Salmonella aangetoond.
Voor een negatief resultaat geldt: Salmonella niet aangetoond.
Verdere bevestiging van positieve uitslagen verkregen met de iQ-CheckTM Salmonella II test is ter beoordeling van de gebruiker maar is niet vereist.
Omdat echter in alle gevallen van Salmonella-positieve monsters betreffende het PVE
actieplan 2000+ een nadere serotypering van de Salmonella bevinding is vereist, dient
met dezelfde BPW-voorophoping als waaruit de PCR is uitgevoerd alsnog een isolatie
met MSRV en XLD uitgevoerd te worden volgens PVE-SALMONELLA-MSRV-291009, gevolgd door
serotypering van het isolaat (PVE-SALMONELLA-SERO-291009).